ATP荧光检测仪利用ATP试剂中若干组分如荧光素-荧光素酶等与被测样本反应产生光子，再利用专门研制的荧光检测仪来捕捉和检测发光值；

由于被测样本所含细菌等微生物的数量与所含的ATP值、以及ATP值与发光值之间存在一定的函数关系，因此通过检测发光值即能得到被测标本所含细菌等微生物含量。

取样是影响准确性和一致性的关键之一，使用时可参照手持式ATP仪说明书采样、检测、计算得出结果并记录报告。

一般来说采样分两种情况：

面积类：将ATP拭子采样棒一支在物体表面或双手指曲面从指跟到指端来回涂擦个两次（一只手涂擦面积约30cm2），并随之转动采样拭子。

体积类：将ATP拭子采样棒一支在待测液体充分浸湿。

取样后检测：将拭子放入手持ATP仪，获得被测样本与细菌污染程度相对应的ATP生物荧光值并判定卫生状况。