种子发芽箱的使用是提高种子发芽率的有效措施，但影响种子发芽率的因素有很多，主要表象在内部因素和外部因素。

制约种子发芽率的内部因子：

种子成熟度：一般情况下，成熟度高的种子发芽率高。这是因为正常成熟的种子能够为其萌发提供充足的营养物质，而未正常成熟的种子则不能；

种子休眠：大多数植物的种子成熟后即可萌发，如水稻、小麦等，但有些植物的种子在脱离母体后即使外界条件非常优越也不能萌发，必须经过一段时间的休眠，如苜蓿、银杏等。

种子含水量：在一定范围内和相同的试验条件下，种子本身含水量越高越有利于萌发。但在种子储藏时，如果种子含水量过高，就会增强种子的呼吸作用，从而导致种温升高，种子出汗、结露、甚至霉变，严重影响种子发芽率。

在收获晾晒过程中，如果在种子发芽箱水泥地上长时间暴晒，会使种子含水量急剧下降，形成所谓的 “铁籽”，种子的发芽率也会大大降低。

种子发芽率的高低在一定程度上反应了这批种子的质量。然后，种子发芽中的非外部因素要改变，几乎是不可能的，而这些种子发芽箱因素对发芽率的影响又相当的明显。这才让精密种子发芽箱，种子发芽箱的市场前景光明。