气相色谱仪的柱温直接影响色谱柱的使用寿命、柱的选择性、柱效能和分析速度，是重要的操作条件。

柱温低有利于分配，有利于组分的分离。

但柱温过低，组分可能在色谱柱冷凝或传质阻力增加，使色谱峰扩张，甚至拖尾。

柱温高，虽有利于传质，但分配系数变小，不利于分离。

一般通过实验选择较佳柱温，原则是使组分既分离完全，又不使峰形扩张、拖尾。

柱温一般选各组分沸点平均温度或稍低些。

当组分的沸点范围很宽时，用同一柱温往往造成低沸点组分分离不好；

而高沸点组分峰形扁平，采用程序升温能使高沸点和低沸点组分都获得满意结果。

选择柱温时还必须注意，柱温不能高于固定液较高使用温度，否则会造成固定液大量挥发流失。

同时，柱温必须高于固定液的熔点，这样才能使固定液有效地发挥作用。